Die mykologische Arbeitsgemeinschaft Schleswig-Holstein ist Teil des gemeinnützigen, naturwissenschaftlich orientierten Vereins "Arbeitsgemeinschaft Geobotanik in Schleswig-Holstein und Hamburg (AG Floristik von 1922) e.V." Der Verein hat seinen Sitz bei der Landesstelle für Vegetationskunde an der Universität Kiel.